Madrasah Aliyah Negeri Insan Cendekia Tapanuli Selatan merupakan madrasah yang letak geografisnya berada di
provinsi Sumatera Utara, Kabupaten Tapanuli Selatan, tepatnya terletak di Desa Sialagundi Kecamatan Sipirok. Secara khusus posisi Madrasah ini persis berada di bukit yang oleh orang sekitar menamainya dengan Tor Simago-mago. Madrasah Aliyah Negeri Insan Cendekia Tapanuli Selatan merupakan MAN IC yang berdiri pada periode ke empat dalam sejarah pendirian MAN IC Indonesia. Hal ini diperjelas dengan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 744 tahun 2017 tentang pendirian Madrasah Aliyah Negeri Insan Cendekia.
Dari 23 Madrasah Aliyah Negeri Insan Cendekia Indonesia yang ada hingga 2021, Madrasah Aliyah Negeri Insan Cendekia Tapanuli Selatan merupakan madrasah ke delapan belas. Berdirinya madrasah unggulan Kementerian Agama jenis ini diharapkan akan menghadirkan cendekiawan-cendekiawan yang berakhlakul karimah yang kelak akan menjadi generasi pemimpin bangsa.
MAN IC sendiri tak terlepas dari sejarahnya yang berawal dari MAN IC Serpong dan MAN IC Gorontalo. Beranjak dari kedua madrasah pelopor tersebut, maka kementerian agama menginisiasi untuk pendirian MAN IC di
tiap provinsi yang ada di Indonesia tak terkecuali untuk provinsi Sumatera Utara juga.
Pendirian MAN IC di provinsi Sumatera Utara telah melalui proses yang cukup panjang. Bermula dari instruksi Kemenag Republik Indonesia kepada Kanwil Kemenag Sumatera Utara di tahun 2012 mengenai rencana pendirian MAN IC. Pada awalnya tahun 2012 diadakan rapat pembicaraan Kepala Kantor Kementerian Agama se Sumatera Utara tentang
rencana untuk pembangunan MAN Insan Cendekia. Lokasi pertama yang menjadi perbincangan yaitu di daerah Serdang Bedagai. Setelah ditelusuri, ternyata tanah yang akan dijadikan sebagai lokasi berdirinya MAN IC di Sumatera Utara tersebut merupakan wilayah milik PTPN. Lebih lanjut lagi, tanah tersebut ternyata tidak bisa dilakukan untuk pembebasan lahan. Menanggapi hal tersebut diperlukan alternatif lain untuk mendapatkan lokasi baru, mengingat instruksi dari Kemenag RI untuk segera dilakukan pembangunan MAN IC di wilayah Provinsi Sumatera Utara.
Upaya untuk memenuhi instruksi tersebut kemudian berakhir dengan dilimpahkannya mandat ke wilayah kemenag Tapanuli Selatan. Telah ditunjuk langsung dari Kanwil, maka Amran Hasibuan sebagai Kakan Kemenag waktu itu pun menerima permintaan tersebut dalam hal mencarikan lahan yang tepat untuk pembangunan MAN IC di wilayah pemerintahan Tapanuli Selatan. Selanjutnya telah ditemukan sederet lokasi yang pernah ditetapkan akan menjadi tanah lokasi pendirian MAN IC di Tapanuli Selatan seperti Sekitaran Kecamatan Saipar Dolok Hole, Tanah sekitar daerah Aek Latong, Tanah di desa Bulu Mario, Tanah di Sialagundi milik Toharuddin Siregar, Tanah pertapakan di perkantoran Bupati Tapanuli Selatan, Tanah yang ditawarkan Sekda yaitu Aswin Siregar di daerah desa Situmba. Setelah melewati berbagai proses dan pertimbangan, kesemua itu kemudian berakhir dengan ditetapkannya tanah milik ulayat desa Sialagundi yang sudah diberi wewenang pengelolaan kepada “PERWASI” (Persatuan Warga Sialagundi).
MAN IC Tapanuli Selatan merupakan MAN IC yang ke-18 dari seluruh MAN IC se-Indonesia. Mulai beroperasi dengan adanya siswa angkatan pertama pada tanggal 17 Juli 2017. Baik penerimaan guru dan siswa, keduanya merupakan hasil seleksi nasional yang diselenggarakan oleh kementerian agama RI. Berdasarkan hasil seleksi yang telah dilakukan siswa yang lulus adalah 46 orang dan 17 guru. Bupati Kabupaten Tapanuli Selatan H. Syahrul M Pasaribu SH menjadi Inspektur Upacara pada hari Perdana Proses pembelajaran di Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Insan Cendekia Tapsel Tahun Ajaran 2017/2018 di halaman Gedung MAN Cendekia Tapanuli Selatan. Bupati juga menyaksikan Pengukuhan H. Ali Masran Daulay S. Pd, MA sebagai Kepala Sekolah MAN Cendekia Tapanuli Selatan oleh Kakanwil Kemenag Provinsi Sumatera Utara DR. H. Tohar Bayo Angin MA.
Untuk perkembangan fisik MAN IC Tapanuli Selatan sendiri dimulai dari pembangunan fisik sejak 2013-2014. Bangunan yang paling awal pada tahun 2017 yang bisa beroperasi adalah gedung RKB (Ruang Kegiatan Belajar) dan gedung asrama siswa. Pada tahun 2018 dilakukan perbaikan jalan sehingga jalan yang semula tanah berubah menjadi aspal.
Tahun 2018 merupakan tahun masuknya angkatan kedua, maka dibutuhkan penambahan ruang bagi asrama guru dan
asrama siswa (putra). Adapun asrama guru yang proses pembangunannya berlangsung di tahun 2018 diresmikan tahun 2019 dan asrama putra diresmikan pada 2019. Tahun 2019 terdapat 2 jenis bangunan yang didirikan yaitu gedung
pusat kegiatan siswa dan gedung serbaguna. Pada tahun 2020, pembangunan di MAN IC Tapanuli Selatan masih terus
berlanjut, Di tahun ini ada tiga bangunan yang berhasil berdiri yaitu gedung perpustakaan dan laboratorium yang digabung dalam satu gedung, asrama guru dan asrama putra. Kemudian perkembangan selanjutnya adalah terkait
dengan kepemimpinan di MAN IC Tapanuli Selatan yang sejak tanggal 18 Mei 2022 telah resmi mengalami pergantian. Kepala Madrasah yang kedua dijabat oleh Abdul Hakim Siregar S. Pd, M. Si. Beliau dilantik untuk masa jabatan 2022-2026.
